La UAAEI tiene como misión garantizar la atención Integral, con enfoque de derechos, inclusión y atención a la diversidad de estudiante de la UABJO pertenecientes a comunidades, pueblos indígenas y afromexicanos matriculados en las preparatorias, escuelas y facultades, buscando asegurar su permanencia y conclusión, a través de acciones que se traduzcan en procesos académicos, profesionales y de desarrollo humano acordé a sus necesidades personales.

La UAAEI emprende dos estrategias para dar cobertura a este objetivo:

1) Divulgar en las preparatorias, escuelas y facultades de la UABJO los servicios de la UAAEI, como la ludoteca, la tutoría, el acompañamiento legal y psicopedagógico, así como las becas a las cuales pueden acceder las y los estudiantes que se autoadscriben como pertenecientes a un pueblo o comunidad indígena o afromexicano.

2) El desarrollo de cursos o talleres de fortalecimiento académico, de sencibilización de los derechos indígenas y lingüisticos, habiidades socioemocionales y prevención y atención del acoso escolar.